Quân đội Bowser đã biến thành zombie sau khi bị ảnh hưởng bởi virus. Quân đội trở nên mạnh hơn sau khi biến thành zombie. Mario và Sonic sẽ phải chiến đấu với đội quân zombie bằng mọi vũ khí mà họ có. Giúp họ bảo vệ căn cứ của họ chống lại cuộc tấn công zombie.