Trong Batman Save Underwater, bạn là anh hùng trong một chiếc xe ngầm và bạn di chuyển dưới nước. Bạn phải đảm bảo rằng bạn không chạm đáy hoặc đỉnh của màn hình vì có những tảng đá sắc nhọn sẽ làm bạn chìm đắm và trò chơi đã kết thúc cho bạn. Bạn sử dụng các phím mũi tên để điều hướng máng các hang động dưới nước và sử dụng chuột của bạn để bắn kẻ thù đến.